Aplinkos apsaugos agentūra įgyvendino projektą „Nevėžio ir kitų upių ruožų renatūralizavimas, taikant švelniąsias renatūralizavimo priemones“. Šis projektas buvo įgyvendintas 11-oje upių ir apėmė keturių rajonų – Anykščių, Kupiškio, Panevėžio ir Pasvalio – savivaldybes. Sulaukus tinkamų gamtinių sąlygų dar bus pasodinti medžių sodinukai dviejų upių – Marnakos ir Upytės pakrantėse. Medžiai bus sodinami 100 m ilgio ruožuose, šiaurinės ekspozicijos pakrantėse. Pasodinus medžių sodinukus, renatūralizavimo priemonių įrengimo darbai tvarkomose upėse bus visiškai užbaigti.
Renatūralizacijos darbai buvo atlikti sovietmečiu žmogaus ištiesintose Alantos, Aptekos, Įstro, Juodos, Juostino, Juostos, Marnakos, Molainos, Nevėžio, Pyvesos ir Upytės upėse, kuriose nesiformavo savaiminės renatūralizacijos procesai, natūralios vagos atsikūrimo požymiai, upės neatitiko geros ekologinės būklės kriterijų. Siekiant paspartinti upių atsistatymo procesus, biologinės įvairovės gausėjimą, pagerinti upių „sveikatą“ ir tuo pačiu nepakenkti melioracijos sistemos funkcionalumui buvo įrengtos nesudėtingos vandentvarkos priemonės.
Renatūralizuojamuose upių ruožuose buvo naudojama tik ilgaamžė, gamtinės kilmės medžiaga – įvairaus skersmens rieduliai, iš kurių buvo formuojamos akmenų bunos, o iš didelio skersmens riedulių – pavienių akmenų metiniai. Platesniuose ir gilesniuose upių ruožuose iki trečdalio vagos pločio buvo įrengtos akmenų bunos, nutolusios viena nuo kitos atstumu, lygiu 10–14 vagos pločių. Siauresnėse ir seklesnėse upių vagose iš stambių (0,4–0,7 m ir didesnio skersmens), pavienių arba iš 2–3 riedulių, išdėstomų kas 8–10 m atstumu, įrengti akmenų metiniai. Iš viso tvarkomose upėse buvo įrengtos 306 akmenų bunos ir 16 akmenų metinių.
Vienas svarbiausių veiksnių, veikiančių upių renatūralizacijos procesus, vagų morfologijos atsistatymą, yra tėkmės greitis. Daugumoje upių (Alantoje, Juodoje, Įstre, Nevėžyje, Pyvesoje ir kitose) vandens gyvūnijos migraciją ribojo, srovės greitį slopino gamtinės ir antropogeninės kilmės kliūtys ir neigiamai veikė upių atsistatymo procesus. „Išlaisvinant“ upių tėkmes buvo išardyta 13 bebrų užtvankų, praardytos antropogeninės kilmės kliūtys – 22 gelžbetoniniai ir akmeniniai slenksčiai. Bendras upių ruožų, kuriuose buvo pritaikytos švelniosios renatūralizacijos priemonės, ilgis – 103 km.
Upių vagose išardžius bebrų užtvankas, praardžius gelžbetoninius ir akmenų slenksčius, įrengus akmenų bunas ir akmenų metinius pasikeis tėkmės pobūdis, vagoje suintensyvės eroziniai – akumuliaciniai procesai, atsiras didesnė vagą dengiančių gruntų įvairovė bei jų kaita. Dėka šių veiklų padidės upių savaiminio apsivalymo nuo teršalų potencialas, pagerės vandens įsisotinimas deguonimi, susidarys palankesnės sąlygos upių buveinėse gyvenančių hidrobiontų ir žuvų migracijai, rūšių įvairovės gausėjimui. Pažymėtina, kad dėl įrengtų nesudėtingų vandentvarkos priemonių, jų poveikis išryškės tik per artimiausią dešimtmetį.
Projektą „Nevėžio ir kitų upių ruožų renatūralizavimas, taikant švelniąsias renatūralizavimo priemones“ parengė VŠĮ „Gamtos paveldo fondas“, upių renatūralizavimo darbus atliko IĮ „Žiuko įmonė“, o darbų techninę priežiūra vykdė UAB „Domstata“. Šis projektas yra viena iš Europos Sąjungos struktūrinių fondų finansuojamo projekto Nr. 05.3.1-APVA-V-012-01-0004 ,,Vandens telkinių būklės atstatymas upių vagų renatūralizavimo priemonėmis“ priemonių, kuria įgyvendinami Bendrosios vandenų politikos direktyvos 2000/60/EB reikalavimai bei Vandenų srities plėtros 2017–2023 metų programa ir Vandenų srities plėtros 2017–2023 metų programos įgyvendinimo veiksmų planas.